通常需要等待一段时间，通过血液检查或超声波来确认是否怀孕。囊胚移植失败的一个常见迹象是月经周期恢复正常。如果移植后的女性在预期的时间内开始出血，且出血量和持续时间与平时的月经相似，这可能是移植未成功的信号。正常的月经来潮表明子宫内膜未能支持胚胎的着床，酿成内膜脱落并排出体外。一些女性在囊胚移植后会经历短暂的早孕反应，如乳房胀痛、恶心、疲劳等。这些症状通常与体内激素水平的变化有关。如果这些症状在移植后的一段时间内逐渐减弱或完全消失，可能提示移植失败。
需要注意的是，早孕反应的存在与否并不能单独的判断标准，因为每个女性的身体反应不同。人绒毛膜促性腺激素是怀孕早期最重要的标志物之一。在正常情况下，受精卵成功着床后，hCG 水平会在移植后的几天内迅速上升。如果通过血液检测发现 hCG 水平没有显著增加，甚至下降，这可能是囊胚移植失败的明确证据。医生通常会在移植后约 1014 天进行首次 hCG 测试，以评估怀孕的可能性。超声波检查是确认怀孕的重要工具，尤其是在移植后的几周内。
如果在预期的时间内通过阴道超声波检查未能观察到孕囊或胎心搏动，这通常意味着囊胚未能成功着床或发育。医生可能会建议进一步的检查，以确定具体原因。囊胚移植不仅对身体有影响，还可能对心理产生压力。移植失败可能招致情绪波动，如焦虑、抑郁或失望。虽然情绪变化本身不能直接证明移植失败，但它们往往是伴随其他生理症状而出现的。在这种情况下，寻求心理支持或咨询专业人士的帮助是非常重要的。有些女性在囊胚移植失败后可能会经历轻微的腹痛或痉挛，类似于月经期间的感觉。
这种疼痛通常较为轻微，不会持续很长时间。如果疼痛剧烈或伴有大量出血，应立即就医，以剥离其他潜在的健康问题。基础体温法是一种监测排卵和怀孕的方法。在囊胚移植后，如果基础体温突然下降并恢复到排卵前的水平，这可能是移植失败的迹象。不过，这种方法并非一定可靠，因为它受到多种因素的影响，如环境温度、睡眠质量等。虽然体重变化并不是一个可靠的指标，但在少数情形里，囊胚移植失败的女性可能会注意到体重略有下降。这可能是根源在于体内激素水平的变化促成食欲减退或其他代谢变化所致。
但，体重的波动也可能与其他因素有关，所以不应单独依赖这一症状做出判断。除了上述症状外，囊胚移植失败的女性还可能经历其他一些不太常见的症状，如：
阴道分泌物增多：如果分泌物呈现褐色或粉色，可能是早期流产的迹象。头痛或头晕：这些症状可能与体内激素水平的变化有关。